「Natural2」は大きくわけて二つのパートが存在します。基本となるこの二つのパートをご紹介いたします。

行動、会話の内容を２〜３つの選択から選び進めていきます。
ヒロインとの会話を進めることでより親密になったり、他の女の子との交友を深めることが出来ます。
プレイヤーの選択により物語の流れは大きく変化するので慎重に選びましょう。

画面の下部にあるのが「メッセージウィンドウ」です。キャラクターのメッセージが表示されるウィンドゥとなっており、メッセージウインド内のボタンを操作することで、コンフィグ、パラメータ、セーブ、ロード等の画面をダイレクトで呼び出すことが出来ます。

通常のエッチシーンは他のイベントと同様、会話や行動を選択することで進行します。
千紗都と空の夜のエッチシーンのみ、複数のコマンドを選択可能な特別なエッチシーンが用意されています。 千紗都、または空の状況を表す「パラメータウィンドウ」を参考にしながら「セレクトボタン」でコマンドを指定し、「選択ウィンドウ」で具体的なプレイ内容を決定していきます。
通常パート＆ＳＬＧパートはお互いに影響しあいます。
ＳＬＧパートでの結果によっては、日常的なシーンでも態度が硬くなってしまったり、逆に、通常パートで女の子達と行動を共にすることで、新しいプレイが追加される場合もあります。